Gdy aktor był mały, jego rodzice dołączyli do kontrowersyjnej grupy chrześcijańskiej Children of God. Zaangażowali w nią również swoje dzieci. Joaquin w wywiadach nie kryje tej historii i zaznacza, że był to kult. W pewnym momencie rodzina na szczęście opuściła sektę.
Joaquin Phoenix jest weganinem i bierze udział w wielu akcjach poświęconych prawom zwierząt. Poza tym, że nie je produktów pochodzenia zwierzęcego, nie nosi także skórzanych ubrań. Gdy gra w filmach, woli, kiedy jego garderoba jest w pełni eko.
Gdy aktor miał cztery lata, postanowił zmienić swoje imię. Denerwowało go, jak wiele osób nie potrafiło poprawnie wymówić słowa Joaquin. W związku z tym, że imiona jego rodzeństwa nawiązywały do przyrody (np. brat River), nazwał się Leaf, czyli Liść. Nosił to imię aż do 1991 roku.
W rodzinie aktora nie brakowało kłopotów z uzależnieniami. Jego brat, River, umarł w wyniku przedawkowania narkotyków. Joaquin udał się na odwyk alkoholowy po zakończeniu zdjęć do filmu Spacer po linie. Wyznał, że spożywał wtedy alkohol, aby czuć się lepiej, co bardzo go zaniepokoiło, więc postanowił zwalczyć ten problem.
Blizna nad ustami aktora to jego znak rozpoznawczy. Okazuje się, że wcale nie powstała w wyniku żadnego wypadku czy rany. Phoenix urodził się z charakterystyczną kreską nad łukiem kupidyna.
Źródła: Vogue, Twisted Sifter, Ranker, Diply / Ilustracja wprowadzenia: kadr z filmu Bo się boi