Drugą część tekstu zacznę od omówienia Kingdom Hearts 358/2 Days, czyli odsłony, której ramy czasowe mieszczą się od końcówki pierwszego Kingdom Hearts, poprzez kontynuację – Chain of Memories oraz tuż po tej części, ale przed Kingdom Hearts II. Główną postacią jest tutaj Roxas, czyli Nobody Sory, który narodził się podczas poświęcenia Sory, gdy ten na pewien czas zmienił się w Heartlessa. Po tym wydarzeniu Roxas budzi się w Twiling Town, czyli świecie kontrolowanym przez Organizację XIII. Znajduje go Xemnas – Nobody Terra-Xehanorta, który jest przywódcą Organizacji. Pozwala on dołączyć Roxasaowi do Organizacji jako trzynastemu członkowi, na co wpłynęły na pewno umiejętności Roxasa – jako jedyny z Nobodych potrafi władać keybladem. Xemnas wykorzystuje więc go do zabijania Heartessów oraz uwalniania serc, co ma w efekcie umożliwić stworzenie Kingdom Hearts, które potrafi przywrócić Nobodym serca.
Roxas trafia pod opiekę Axela, z którym szybko się zaprzyjaźnia. Wkrótce pojawia się również czternasty członek Organizacji – Xion. Dziewczyna szybko znajduje wspólny język z Axelem oraz Roxasem. Cała trójka uwielbia relaksować się na wieży zegarowej w Twilight Town, gdzie zajadają się słonymi lodami.
Gdy Axel wraz z innymi członkami Organizacji zostaje przydzielony do Zamku Zapomnienia, Roxas oraz Xion coraz bardziej się do ciebie zbliżają. Xion zaczyna też przypominać przyjaciółkę Sory – Kairi. Kilka dni później Roxas zapada w śpiączkę, co wiąże się z zaśnięciem Sory w Zamku Zapomnienia. Roxas w końcu jednak się budzi i opowiada, że wszyscy członkowie Organizacji wysłani do Zamku – oprócz Axela – zostali wyeliminowani. Do Roxasa wraca też coraz więcej wspomnień Sory, przez co ma on dużo pytań bez odpowiedzi. Zaczyna też wątpić w słuszność działań Organizacji XIII.
W tym czasie śpiący Sora zostaje przeniesiony z Zamku Zapomnienia do Twilinght Town przez DiZ-a oraz Naminé, którzy nadzorują przywracanie jego wspomnień. Dochodzi także do konfrontacji Riku z Xion, który kwestionuje jej tożsamość i namawia ją, by połączyła się ze swoim prawdziwym wcieleniem. Dzięki temu odkrywa ona, że jest niedoskonałą repliką Sory stworzoną przez Xemnasa ze skradzionych wspomnień. Xion przybrała wygląd Kairin, gdyż był to wpływ silnych wspomnień Sory o jego przyjaciółce. Xemnas przeprogramowuje jednak Xion i zmusza ją do wchłonięcia Roxasa, co oznaczałoby, że Sora nigdy się nie obudzi. Roxa jednak pokonuje Xion, a ta umiera na jego ramionach oraz zmienia się w oślepiające światło. Tym samym część wspomnień Sory wraca do niego.
Roxas opuszcza Organizację, ku wielkiemu rozczarowaniu Axela. DiZ wysyła Riku, by ten schwytał Roxasa, który jest niezbędny do zakończenia procesu przywracania wspomnień Sory. Niestety, Riku prawie przegrywa walkę, więc musi uwolnić drzemiącą w nim ciemność, by wygrać. Roxas ostatecznie zostaje pokonany, jednak po pojedynku Riku nie może wrócić do swojego dawnego wyglądu i pozostaje w formie Asnsema, Seeker of Darkness.
Riku przenosi następnie nieprzytomnego Roxasa do DiZ-a, który zmienia jego postać na cyfrową i wysyła go do wirtualnego Twilight Town. Jego wspomnienia zostają zmodyfikowane, aby nie pamiętał on o Organizacji XIII. Po napisach końcowych widzimy scenę, gdzie Roxas spotyka Sorę.