Emilia Clarke urodziła się w Londynie, a dorastała w Berkshire (Anglia, Wielka Brytania). Ojciec Emilii jest inżynierem dźwięku w teatrze, a matka bizneswoman. Ma też brata, który studiuje politologię. Zaczęła grać w wieku trzech lat po obejrzeniu musicalu „Show Boat”, przy którym pracował jej ojciec. Uczyła się w St Edward’s School (2000-2005) i Rye St Antony School w Oxfordzie (Anglia, Wielka Brytania), a później studiowała w Drama Centre London (Anglia, Wielka Brytania), które ukończyła w 2009 r. Pierwszą rolę otrzymała w jednym z odcinków „Lekarzy”. Jej kolejnym angażem był film dla kanału SyFy „Atak dinozaurów”. Przełom nastąpił jednak, kiedy została obsadzona w „Grze o Tron” kanału HBO jako Daenerys Targaryen. W 2011 r. otrzymała Ewwy Award dla najlepszej aktorki drugoplanowej w serialu dramatycznym „Gra o Tron”. Dwa lata później zagrała na Broadwayu w adaptacji sztuki Trumana Capote „Śniadanie u Tiffany’ego”.