Wolność wyboru jest kluczową cechą Population Zero. Planeta Kepler jest zamieszkała przez obce gatunki. Gracze mogą je zbadać, zaprzyjaźnić się z nimi lub je zaatakować. Dodatkowo, system perków zapewnia ogromną liczbę możliwość. Przy ich pomocy każdy gracz stworzy unikalną postać. Mówiąc krótko, gdy w grę wchodzi przetrwanie, to w Population Zero nie obowiązują żadne zasady. Jeśli jednak w trakcie gry zginiesz ten jeden raz za dużo zmienisz się w potwora z Pustki. Mają one tylko jedno życie, są silne i szybkie. To koniec gry, ale możesz spróbować wykorzystać ten stan na ile tylko dasz radę.