PISF przekazał na produkcję filmu Kler 3,5 miliona złotych z wnioskowanych 4 milionów. Informacje o dotacji oburzyły niektórych duchownych jak np. Jezuitę Dariusza Kowalczyka, który na swoim Twitterze odniósł się do sytuacji przywołując brak finansowania przez Instytut dla filmu Smoleńsk:
PISF nie dał nic na film "Smoleńsk", ale dał 3,5 mln na "Kler". Eksperci twierdzili, że scenariusz "Smoleńska" jest słaby, jednostronny, propagandowy. Jasne! scenariusz, w którym klechy ciągle piją i uprawiają seks, także z dziećmi, jest dobry, niejednostronny i niepropagandowy.
— Dariusz Kowalczyk (@dkowalczyk63) September 14, 2018
Na temat dotacji wypowiedział się już również obecny minister kultury Piotr Gliński:
W zw. z nieprawdziwymi info. n/t finansowania filmu „Kler” informuję, że NIE DAŁEM ANI GROSZA na ten cel. Był on natomiast finansowany decyzjami p. Odorowicz i Sroki – b. dyrektorek PISF, mianowanych przez poprzedników, na których działania – zgodnie z prawem, nie mieliśmy wpływu
— Piotr Gliński (@PiotrGlinski) September 11, 2018